Namun, sistem ini menghadapi tantangan utama berupa ketidakstabilan politik. Bisa kita lihat, ada tujuh kabinet yang jatuh bangun dalam waktu tujuh tahun saja, yaitu Kabinet Natsir, Kabinet Sukiman, Kabinet Wilopo, Kabinet Ali satu, Kabinet Burhanuddin, Kabinet Ali dua, dan Kabinet Djuanda. Hal ini membuat program pembangunan menjadi sangat terhambat.